En el meollo de esta nueva y ambiciosa realización animada de Disney encontramos al ingenuo pero decidido museólogo/cartógrafo/lingüista Milo Thatch, quien sueña con finalizar la búsqueda iniciada por su abuelo ya muerto, un famoso explorador.

Cuando sale a la luz un diario que había estado perdido durante mucho tiempo, aparecen nuevas pistas sobre el sitio. Un excéntrico multimillonario accede a financiar la expedición ... y la acción se dispara hacia altísimos niveles.

Finalmente, Milo conduce al Comandante Rourke y a su equipo hacia el escurridizo reino submarino, pero lo que hallan supera sus expectativas y así se suscita una explosiva serie de eventos que sólo Milo es capaz de resolver.